จากการขยายตัวทรงเศรษฐกิจและลัทธิเผด็จการของนาซีเยอรมนี และสงครามโลกครั้งที่ 2 ได้ปะทุขึ้น ในวันที่ 28 ตุลาคม พ.ศ. 2483 เมทาซัสได้ปฏิเสธคำขาดของอิตาลีที่ต้องการนำกำลังพลมาประจำการในกรีซ ทำให้อิตาลียกพลบุกกรีซ เกิดเป็นสงครามกรีซ-อิตาลี กรีซป้องกันสำเร็จและได้ยึดดินแดนทางตอนใต้กว่าครึ่งของแอลเบเนีย แต่เมื่อเยอรมนีบุกบัลแกเรียใน 6 เมษายน พ.ศ. 2484 และได้ถูกบุกรุกล้ำดินแดนและแผ่นดินใหญ่ของกรีซถูกยึดครอง

ในวันที่ 23 เมษายน พระราชาธิบดีและคณะรัฐบาลได้ออกจากแผ่นดินใหญ่ไปอยู่ที่เกาะครีต แต่หลังจากเกิดยุทธการเกาะครีต ซึ่งเกาะครีตถูกโจมตีทางอากาศอย่างหนัก พระองค์ทรงลี้ภัยไปอียิปต์ และทรงลี้ภัยสู่อังกฤษอีกครั้งหนึ่งเมื่อสมเด็จพระราชาธิบดีฟารุกที่ 1 แห่งอียิปต์ทรงขอร้องพระองค์ให้ออกจากประเทศ ซึ่งขณะนั้นกรีซได้ถูกยึดครองแล้ว